高校图书馆的藏书具有鲜明的专业特色，主要是专业学科文献、教学与科研参考文献和大学生全面发展所需的中外优秀书刊。根据学校各学院各课程教学的不同要求配置书刊，如提供各门课程的教学参考书，使大学生阅读后能加快课堂教学内容的吸收与巩固；提供有关专业的书刊，使之开阔视野，扩大知识领域；提供古今中外优秀书刊，丰富大学生的精神需求，陶冶情操，使之涉猎人类科学文化各方面知识。

本馆藏书以中医药文献为主，医、理、工、管、文协调发展，兼收教学科研涉及的有利于大学生成长的其他学科文献。中医基础、中医内、外、妇、儿科学、针灸经络、中药方书等则达到研究级收藏标准，是全省中医药文献收藏最为丰富系统的图书馆。

图书馆的藏书是按照规定的分类体系组织上架的，排架原则是从大类到小类，从总论到各论，从一般到具体，从而形成学科文献分类体系。同类之中先集中内容相同、性质相近或研究相同问题的文献，再按作者不同取号排架，每一部书都有自己的确定位置。目前我国图书馆界均按《中国图书馆分类法》对文献进行类分与排架，该分类法将文献先分为马列主义毛泽东思想邓小平理论、哲学、社会科学、自然科学与综合性图书五大类，再分成从A到Z的22个大类。